
Téměř celou oblast NP
Malá Fatra pokrývají lesy - zabírají 83% celkové plochy. V lesích převažují buky, ve vyšších polohách jsou to smrky. Na některých místech najdete i borovici, jedli anebo javor.
Těsně pod vrcholem roste kosodřevina a nad ní se už rozprostírají rozsáhlé alpínské louky s vysokohorskými rostlinami, jako
Hořec Clusiův,
hvězdice alpská, dryádka osmiplátečná, stračka tatranská a jiné. Flóru zastupuje více jako 900 druhů vyšších rostlin.
Z hub se tu vyskytuje i zákonem chráněná houba
Šamonie modrající (Chamonixia caespitosa). Sběr lesních plodů a rostlin je v národním parku zakázaný, protože sbírat je mohou pouze majitelé a uživatelé pozemků.

- 900 druhů vyšších rostlin
- 22 druhů západokarpatských endemitů
- 14 karpatských endemitů
- 15 karpatských subendemitů
- 1 vlastní endemit Malé Fatry, jeřabina Margittaiho