
Živočišnou říši NP
Malá Fatra zastupují hlavně horské druhy. Zachovali se tu víceré druhy savců a ptáků, které jsou v jiných oblastech už na ústupu.
Území NP Malá Fatra je významné pro hnízdění lesního ptactva, skalnatých biotopů, horských luk, jako Čáp černý, Orel skalní, Tetřívek obecný, Chřástal polní, Výr velký, Žluna zelená, Datlík tříprstý, Pěvuška podhorní, Kos horský, Skalník zpěvný, Budníček lesní, Zedníček skalní, Sýkora parukářka.
Ze savců v NP Malá Fatra např. žijí Medvěd hnědý, Rys ostrovid, Vydra říční, Vlk obecný, Kočka divoká, Srnec obecný a Jelen lesní.
Mimořádně bohatá je fauna motýlů a brouků, jako např.
Jasoň červenooký a
Jasoň dymnivkový.